A freguesia de São Tomé de Negrelos, com uma área de 6,12 Km2, localiza-se no Vale do Ave, na parte nordeste do Município de Santo Tirso. Foi elevada a vila em 1993.
É limitada a norte pelo rio Vizela (tendo na margem oposta a freguesia de Vila das Aves), a este pela freguesia de Roriz, a sul pelo município de Paços de Ferreira e pela freguesia de Monte Córdova e a oeste pela freguesia de Rebordões.
S. Tomé de Negrelos situa-se na encosta da margem esquerda do rio Vizela e carateriza-se por um tipo de povoamento disperso ao longo da rede viária, com alguma atividade industrial localizada, sobretudo, junto ao rio e à face da EN 105, onde se localiza também a Unidade de Saúde Familiar S. Tomé. O aglomerado urbano principal localiza-se a meia encosta e concentra alguns equipamentos e serviços, com destaque para a Escola Básica de S. Tomé de Negrelos.
O seu território apresenta uma ocupação agrícola ao longo da ribeira de Pedreçal e florestal nas zonas mais elevadas da encosta.
Como pontos de interesse patrimonial, cultural e paisagístico destacam-se a Loggia quinhentista e a capela manuelina da Igreja de S. Tomé de Negrelos e o Castro de Santa Margarida, classificados como Imóveis de Interesse Público, e ainda algumas antigas quintas agrícolas.
